Le séquençage des génomes végétaux : un prélude à l’étude de leur expression

Sequencing of plant genomes: a prelude to analysis of whole genome expression

Laboratoire Génome et Développement des Plantes UMR 5096 CNRS-IRD-UP, Université de Perpignan, 66860 Perpignan Cedex, France.

Résumé

Cet article illustre les développements du séquençage des génomes de plantes. Pour le moment, le génome d’Arabidopsis est entièrement séquencé et un brouillon de celui du riz est disponible. Le programme Arabidopsis a stimulé le séquençage d’EST (expressed sequence tags) chez de nombreuses espèces cultivées, générant ainsi une immense ressource. L’enjeu est maintenant d’annoter correctement chacun de ces gènes et de leur trouver une fonction biologique et/ou biochimique. La disponibilité d’EST et de séquences génomiques permet maintenant d’aborder l’étude de l’expression des gènes à l’échelle de la totalité du génome.

Abstract

This report illustrates development of plant sequencing programmes. So far Arabidopsis genome has been completely sequenced and a draft of the rice genome is available.

The Arabidopsis programme stimulated sequencing of EST (expressed sequence tags) from numerous cultivated species thus creating an enormous resource. The major challenge is now to correctly annotate all the genes in Arabidopsis and find out a biological and biochemical function for each one. The availability of EST and genome sequence now allows one to analyse the expression of genes at the level of the whole genome.