Isolement et caractérisation de bactéries marines oligotrophes

Isolation and characterization of marine oligotrophic bacteria

¹ Université Pierre et Marie Curie-Paris 6, Laboratoire d'Océanographie Biologique, UMR 7621, F-66650 Banyuls-sur-mer, France ; CNRS, UMR 7621, F-66650 Banyuls-sur-mer, France ;
² School of Biotechnology and Biomolecular Sciences, The University of New South Wales. Sydney, 2052, NSW, Australia

Auteur de correspondance : joux@obs-banyuls.fr

Reçu : 9 Mars 2007

Résumé

Une part importante des océans est caractérisée par une pauvreté en nutriments et une faible concentration en chlorophylle. Dans ces environnements oligotrophes, les bactéries sont malgré tout abondantes et jouent un rôle fondamental dans la reminéralisation de la matière organique dissoute. Les bactéries adaptées à l'oligotrophie se distinguent de celles adaptées à des milieux plus riches en nutriments par certaines caractéristiques génétiques et métaboliques. De ce fait, les milieu de culture riches en matière organique couramment utilisés en bactériologie sont peu adaptés à la croissance et à l'isolement de nombreuses bactéries marines. De nouvelles techniques de culture ont été proposées pour les bactéries oligotrophes et ont permis d'isoler de nouvelles espèces ou de nouveaux genres bactériens. Pelagibacter ubique et Sphingopyxis alaskensis font partie de ces bactéries récemment isolées du milieu marin dont l'étude a permis de mieux comprendre les adaptations des bactéries marines aux conditions oligotrophes.

Abstract

A significant part of the world ocean is characterized by low absolute nutrients and chlorophyll concentrations. In these oligotrophic environments, bacteria are very abundant and play a vital role in the remineralization of the dissolved organic matter. Bacteria adapted to oligotrophic waters differ from those adapted to richer environments by some genetic and metabolic characteristics. Culture techniques in bacteriology are based on rich media and do not allow the growth of most marine bacteria. New techniques have been developed for the culture of oligotrophic bacteria, which allow to isolate unknown bacteria. Pelagibacter ubique and Sphingopyxis alaskensis belong to these bacteria recently isolated from the marine environment and their study yielded better understanding of how marine bacteria adapt to oligotrophic conditions.