Article Original

Nextflow : un outil efficace pour l’amélioration de la stabilité numérique des calculs en analyse génomique

Nextflow, an efficient tool to improve computation numerical stability in genomic analysis

¹ Comparative Bioinformatics Group, Bioinformatics and Genomics Programme, Center for Genomic Regulation (CRG), Dr Aiguader, 88, 08003 Barcelona, Spain
² Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain

^* Auteur correspondant : cedric.notredame@crg.eu

Reçu : 20 Octobre 2017

Résumé

La reproduction des analyses bio-informatiques de routine est difficile en raison d’une combinaison de facteurs difficiles à contrôler. Nextflow est un gestionnaire de flux (workflow manager) qui utilise la technologie des conteneurs pour assurer un déploiement et une reproductibilité efficace des pipelines d’analyse computationnelle. Les pipelines tiers peuvent être portés dans Nextflow avec un recodage minimum. Nous montrons ici à l’aide d’exemples concrets comment la quantification des niveaux d’expression, l’annotation de génomes et la reconstruction de phylogénie peuvent se révéler non reproductibles lorsqu’elles sont réalisées sur des plates-formes UNIX différentes, alors qu’elles deviennent stables lorsqu’elles sont déployées dans Nextflow. Nextflow est disponible sur www.nextflow.io.

Abstract

Reproducing routine bioinformatics analysis is challenging owing to a combination of factors hard to control for. Nextflow is a flow management framework that uses container technology to insure efficient deployment and reproducibility of computational analysis pipelines. Third party pipelines can be ported into Nextflow with minimum re-coding. We used RNA-Seq quantification, genome annotation and phylogeny reconstruction examples to show how two seemingly irreproducible analyzes can be made stable across platforms when ported into Nextflow.