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Accueil Tous les numéros Volume 211 / Numéro 4 (2017) Biologie Aujourd'hui, 211 4 (2017) 271-280 Full HTML
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Tableau 1

Exemples de tests fonctionnels enhancers à grande échelle chez les mammifères.

Technique originelle Nom spécifique Origine de l’ADN Application Traits spécifiques Nb. de regions1 Taille (pb2) Lignée cellulaire Promoteur Espèce Ref.
MPRA   Synthétique Caractériser des enhancers putatifs et leurs régions actives Centré sur les sites de FT 2104 145 K562, HepG2 SV40 Humaine (Kheradpour et al., 2013)
MPRA CRE-seq Synthétique Caractériser les régions génomiques avec une fonction enhancer prédite Mutation des sites de fixation des FT 2100 130 K562 Hsp68 Humaine (Kwasnieski et al., 2014)
FIREWACh   Génomique Identification d’enhancers à partir de régions accessibles aux enzymes de restriction Isolation des régions GFP-positives 84 240 154 ESC Minimal FpG5 Souris (Murtha et al., 2014)
STARR-seq CapSTARR-seq Génomique Identification des enhancers par DHS Capture des DHS 7542 330–430 P5424, 3T3 SCP1 Souris (Vanhille et al., 2015)
STARR-seq   Génomique Caractériser des variants génétiques dans des séquences régulatrices de 95 patients Capture des DHS 104 402 HepG2 SCP1 Humaine (Vockley et al., 2015)
MPRA CRE-seq Génomique Identification de séquences régulatrices Capture des DHS 4000 464 Retina Minimal Rho Souris (Shen et al., 2016)
MPRA Sharpr-MPRA Synthétique Caractériser les nucléotides comme activateurs ou répresseurs dans des séquences régulatrices Synthèse d’oligonucléotides chevauchant (résolution de 30 ou 5 pb) 15 720 145 HepG2, K562 Minimal TATA, SV40 Humaine (Ernst et al., 2016)
MPRA   Synthétique Identification des variants régulateurs associés aux eQTL Centré sur les variants eQTL 3642 150 Lymphoblastoid, HepG2 Minimal TATA Humaine (Tewhey et al., 2016)
MPRA   Synthétique Identification des variants régulateurs associés aux traits des globules rouges 3 fenêtres coulissantes par rapport aux variants GWAS 2756 145 K562, K562+GATA1 Minimal TATA Humaine (Ulirsch et al., 2016)
STARR-seq CapSTARR-seq Génomique Identification des régions promotrices avec activité enhancer Capture de -200 à +50 pdb par rapport aux TSS des gènes codants 20 719 250 K562, HeLa SCP1 Humaine (Dao et al., 2017)
MPRA LentiMPRA Synthétique Identification des enhancers par intégration chromosomique Centré sur le signal de plusieurs pics de ChIP-seq 2236 171 HepG2 pGL4.23
promoteur		 Humaine (Inoue et al., 2017)
CRISPR-Cas9   Synthétique Identification d’enhancers endogènes fixés par p53 et ERα Ciblé sur les sites de fixation de p53 dans des enhancers putatifs 685 I BJ-RASg12v I Humaine (Korkmaz et al., 2016)
1

Nombre de séquences d’ADN ciblées, pas nécessairement le nombre unique de fragments qui ont été testés.

2

pb : paire de base ; capSTARR-seq : capture-based self-transcribing active regulatory region sequencing ; CHIP-seq : chromatin immunoprecipitation sequencing ; CRE : cis-regulatory elements ; CRISPR : clustered regularly interspaced short palindromic repeats ; DHS : DNase I hypersensitive sites ; eQTL : expression quantitative trait loci ; ERα : estrogen receptor alpha ; ESC : embryonic stem cell ; FIREWACh : functional identification of regulatory elements within accessible chromatin ; GFP : green fluorescent protein ; GWAS : genome-wide association study ; Hsp68 : heat shock promoter 68 ; lentiMPRA : lentiviral massively parallel reporter assay ; MPRA : massively parallel reporter assay ; N/A : non applicable ; Sharpr : systematic high-resolution activation and repression profiling with reporter-tiling ; STARR-seq : self-transcribing active regulatory region sequencing ; SCP1 : super core promoter 1 ; SV40 : simian virus 40 ; FT : Facteur de transcription ; TSS : transcription start site.

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