Les E3 de type SCF (Skip Cullin F-box Ligase) ou CRL (Cullin RING Ligase) sont des assemblages de plusieurs sous unités différentes dont la base est assurée par les cullines (Cul). Celles-ci interagissent avec une sous-unité acceptrice de l’enzyme E2 et une protéine adaptatrice qui porte la sous-unité réceptrice de la protéine cible (substrat). Le code couleur et les « * » indiquent les combinaisons entre les différentes sous-unités. Par exemple, Cul-1 se lie uniquement à l’adaptateur Skp1 qui porte une des nombreuses protéines de type F-box (par exemple FBXO32), et le récepteur de l’enzyme E2 est la protéine Rbx1/Roc1 ; la dénomination de cette E3 est donc CRL1^FBXO32. La spécificité de reconnaissance de la protéine cible est donnée par les protéines réceptrices (> 80) qui sont classées en différentes familles selon le domaine interagissant avec l’adaptateur. La présence de cofacteurs peut être nécessaire pour stabiliser le complexe ou sa liaison avec la protéine cible.