Hydrolyse des protéines catalysée par le protéasome. A. Mécanisme proposé pour l’hydrolyse des liaisons peptidiques des protéines. La thréonine catalytique Thr1 est représentée en bleu. Un premier intermédiaire tétraédrique IT1 est formé après l’attaque du carbonyle de la liaison scissile par la fonction hydroxyle de la Thr1 ce qui conduit à la formation d’une acyl-enzyme. Un deuxième intermédiaire tétraédrique IT2 résulte de l’attaque du carbonyle de l’acyl-enzyme par une molécule d’eau. Ces deux intermédiaires chargés négativement sont stabilisés via la formation d’une liaison hydrogène entre leur oxygène chargé négativement et le groupe NH de la Gly47 dans le trou oxyanion. B. Représentation schématisée selon Schechter & Berger (1967) de la crevasse du site actif d’un protéasome accommodant la séquence d’une protéine en vue de son hydrolyse. La Thr1 est indiquée ainsi que la liaison sécable. Les acides aminés sont représentés par des rectangles et leurs chaînes latérales sont numérotées respectivement P1-Pn et P1’et Pn’ selon que les acides aminés sont en amont ou en aval de la liaison sécable. Les chaînes latérales sont reconnues respectivement par les sous-sites de spécificité S1-Sn et S1’-Sn’. Le sous-site S4 de l’iPC présente une cystéine en position 48. Les sous-sites accommodant les chaînes latérales des acides aminés sont représentés par des croissants gris.