Numéro |
Biologie Aujourd’hui
Volume 214, Numéro 1-2, 2020
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Page(s) | 45 - 53 | |
DOI | https://doi.org/10.1051/jbio/2020006 | |
Publié en ligne | 10 août 2020 |
Article
Génétique et évolution de la plasticité développementale chez le nématode C. elegans : induction environnementale du stade dauer
Genetics and evolution of developmental plasticity in the nematode C. elegans: Environmental induction of the dauer stage
Université Côte d’Azur, CNRS, Inserm, IBV,
Nice, France
* Auteur correspondant : braendle@unice.fr
Reçu :
13
Juin
2020
La plasticité phénotypique est un phénomène très courant au cours duquel des phénotypes différents sont exprimés en fonction de facteurs environnementaux. La plasticité, lorsque qu’elle est dite « adaptative », permet aux organismes de faire face à des habitats hétérogènes. Bien que les mécanismes moléculaires régulant la plasticité développementale soient de mieux en mieux compris, nous n’avons encore que peu d’informations sur les bases moléculaires de la variation naturelle et de l’évolution de la plasticité. Le nématode C. elegans présente un exemple emblématique de plasticité adaptative car cette espèce a la capacité d’entrer dans un stade larvaire alternatif appelé « dauer » lorsque les conditions environnementales sont défavorables. Durant ce stade de diapause, les larves peuvent survivre pendant environ trois mois en milieu extrême et reprendre leur développement lorsque les conditions s’améliorent. Nous passons ici en revue les mécanismes moléculaires régulant l’entrée en dauer ainsi que les récents progrès réalisés dans la caractérisation de la variation naturelle et l’évolution de l’induction de ce stade de résistance chez C. elegans comme chez d’autres espèces de nématodes.
Abstract
Adaptive developmental plasticity is a common phenomenon across diverse organisms and allows a single genotype to express multiple phenotypes in response to environmental signals. Developmental plasticity is thus thought to reflect a key adaptation to cope with heterogenous habitats. Adaptive plasticity often relies on highly regulated processes in which organisms sense environmental cues predictive of unfavourable environments. The integration of such cues may involve sophisticated neuro-endocrine signaling pathways to generate subtle or complete developmental shifts. A striking example of adaptive plasticity is found in the nematode C. elegans, which can undergo two different developmental trajectories depending on the environment. In favourable conditions, C. elegans develops through reproductive growth to become an adult in three days at 20 °C. In contrast, in unfavourable conditions (high population density, food scarcity, elevated temperature) larvae can adopt an alternative developmental stage, called dauer. dauer larvae are highly stress-resistant and exhibit specific anatomical, metabolic and behavioural features that allow them to survive and disperse. In C. elegans, the sensation of environmental cues is mediated by amphid ciliated sensory neurons by means of G-coupled protein receptors. In favourable environments, the perception of pro-reproductive cues, such as food and the absence of pro-dauer cues, upregulates insulin and TGF-β signaling in the nervous system. In unfavourable conditions, pro-dauer cues lead to the downregulation of insulin and TGF-β signaling. In favourable conditions, TGF-β and insulin act in parallel to promote synthesis of dafachronic acid (DA) in steroidogenic tissues. Synthetized DA binds to the DAF-12 nuclear receptor throughout the whole body. DA-bound DAF-12 positively regulates genes of reproductive development in all C. elegans tissues. In poor conditions, the inhibition of insulin and TGF-β signaling prevents DA synthesis, thus the unliganded DAF-12 and co-repressor DIN-1 repress genes of reproductive development and promote dauer formation. Wild C. elegans have often been isolated as dauer larvae suggesting that dauer formation is very common in nature. Natural populations of C. elegans have colonized a great variety of habitats across the planet, which may differ substantially in environmental conditions. Consistent with divergent adaptation to distinct ecological niches, wild isolates of C. elegans and other nematode species isolated from different locations show extensive variation in dauer induction. Quantitative genetic and population-genomic approaches have identified many quantitative trait loci (QTL) associated with differences in dauer induction as well as a few underlying causative molecular variants. In this review, we summarize how C. elegans dauer formation is genetically regulated and how this trait evolves– both within and between species.
Mots clés : Plasticité phénotypique adaptative / interactions gènes-environnements / évolution / C. elegans / nématodes
Key words: adaptive phenotypic plasticity / genetic by environmental interactions / evolution / C. elegans / nematodes
© Société de Biologie, 2020
Introduction : La plasticité phénotypique
La relation entre les génotypes et les phénotypes est complexe car les phénotypes résultent souvent d’interactions entre le génome et l’environnement. Certains phénotypes sont dits robustes s’ils sont relativement insensibles aux variations environnementales (Debat & David, 2001 ; Flatt, 2005) (Figure 1A). Au contraire, certains phénotypes (et les processus développementaux sous-jacents) sont plastiques, ce qui signifie qu’ils sont sensibles à l’environnement. La plasticité phénotypique implique donc que des individus génétiquement identiques peuvent être phénotypiquement différents s’ils sont exposés à des conditions environnementales différentes (Stearns, 1989 ; Scheiner, 1993 ; Pigliucci, 2001 ; Nijhout, 2003 ; Moczek, 2015). Les phénotypes plastiques peuvent être affectés par l’environnement de manière continue (Figure 1B), c’est le cas par exemple de la vitesse de développement et de la taille du corps qui varient graduellement en fonction de la température chez de nombreux insectes (Atkinson, 1994 ; Chown et al., 2002 ; Buckley et al., 2017). Certains phénotypes présentent au contraire des changements plastiques discontinus (Figure 1C), avec différents environnements générant plusieurs phénotypes alternatifs sans états intermédiaires visibles. C’est le polyphénisme (Nijhout, 2003). Parmi les exemples de polyphénisme, on peut citer les insectes eusociaux pour lesquels la nutrition et l’exposition aux phéromones déterminent le sort de la caste (Maleszka, 2018), ou encore la détermination du sexe en fonction de la température chez les reptiles et les poissons téléostéens (Navara, 2018).
La plasticité phénotypique est dite adaptative si elle génère un bénéfice pour l’organisme, généralement pour lui permettre de faire face à la variabilité de son environnement. Dans de nombreux cas de plasticité phénotypique adaptative, des stimuli environnementaux spécifiques sont perçus par l’organisme et régulent les changements développementaux permettant de générer des phénotypes spécialisés et adaptés à différents environnements. Les facteurs environnementaux régulant le changement phénotypique (environnements inductifs) peuvent être identiques ou distincts des facteurs environnementaux qui imposent une pression sélective (environnements sélectifs), mais peuvent avoir une valeur prédictive permettant l’anticipation dans l’adoption de phénotypes particuliers (Stearns, 1989 ; Scheiner, 1993 ; Pigliucci, 2001 ; Nijhout, 2003 ; Moczek, 2015). Par exemple, les polyphénismes saisonniers sont généralement régulés par des variations de photopériodes qui sont autant de prévisions des faibles températures hivernales et de l’appauvrissement des ressources alimentaires à venir (Nijhout, 1999, 2003). La plasticité phénotypique adaptative implique souvent la mise en place d’une réponse systémique neuro-hormonale, dans laquelle des facteurs chimiques, thermiques, mécaniques, physiologiques ou métaboliques sont perçus par des neurones sensoriels. Ainsi, la perception de l’environnement par l’organisme conduit généralement à une régulation de la synthèse d’hormones ou à une régulation de la sensibilité hormonale des tissus, aboutissant ensuite à des changements transcriptionnels et épigénétiques qui permettent l’expression du phénotype plastique (Nijhout, 1999, 2003).
La plasticité phénotypique est variable d’une espèce à l’autre et au sein d’une même espèce. Les changements génétiques et développementaux responsables de l’évolution de la plasticité phénotypique ont été étudiés dans divers taxons, tant au niveau micro- que macro-évolutif (Stearns, 1989 ; Scheiner, 1993 ; Pigliucci, 2001 ; Nijhout, 2003 ; Moczek, 2015 ; Gibert, 2017). À l’échelle micro-évolutive, des approches d’association pangénomique (GWAS) et d’analyses QTL ont permis de découvrir des régions génétiques, et parfois même des gènes et des variants moléculaires contribuant à la variation de la plasticité, c’est-à-dire aux interactions gènes-environnements (GxE).
Figure 1 Robustesse et plasticité phénotypique. Valeurs phénotypiques en fonction des conditions environnementales, dans le cas d’un système (A) robuste, (B) plastique de manière continue et (C) plastique de manière discontinue ou discrète (polyphénisme). |
Le stade dauer chez Caenorhabditis elegans
Caenorhabditis elegans est un nématode transparent long d’un centimètre et demi, couramment utilisé en biologie. Il présente lors de son développement larvaire un exemple exceptionnel de plasticité développementale adaptative, que nous détaillons ici.
Lorsque les conditions environnementales sont favorables (nourriture abondante, faible densité de population et température modérée), C. elegans passe par quatre stades larvaires successifs pour atteindre l’âge adulte en trois à quatre jours à 20 °C (développement reproductif). Si les jeunes larves sont exposées aux stades L1 ou L2 à une forte densité de population, à une température élevée ou à une faible concentration de nourriture, qui sont à la fois des conditions de stress et des facteurs prédictifs de conditions défavorables imminentes, elles peuvent adopter un stade larvaire alternatif de diapause appelé dauer. En stade dauer, le développement est arrêté et les larves peuvent survivre pendant plusieurs mois en environnement défavorable. Le stade dauer est réversible et lorsque les conditions s’améliorent, les larves pré-dauers (L2d) ou les dauers reprennent leur croissance reproductive (Figure 2).
Les dauers sont visuellement différentes des larves L3 non dauer : elles apparaissent tout d’abord plus sombres et plus minces en raison de la constriction radiale du corps. Les dauers possèdent une cuticule épaisse avec des crêtes longitudinales appelées alae, qui faciliteraient une locomotion rapide. L’épaisseur de cette cuticule et les ouvertures corporelles fermées sur l’extérieur les rendent par ailleurs plus résistantes à l’exposition à des agents chimiques et pathogènes (White et al., 2019). Le développement de la lignée germinale est interrompu, ce qui permet de préserver la fertilité en reportant la production de gamètes au retour de conditions environnementales favorables (Colella et al., 2016). Les changements les plus impressionnants au cours du développement des dauers concernent probablement le système nerveux, qui subit un remodelage neuronal et glial important (Wolkow & Hall, 2012). Cependant, on comprend encore mal comment ces changements neuronaux se traduisent en termes de comportements et de physiologie spécifiques des dauers.
Pour pouvoir résister plusieurs mois à des conditions hostiles, les dauers cessent de se nourrir et consomment moins d’oxygène grâce à l’utilisation de voies métaboliques alternatives, mettant à profit les ressources énergétiques accumulées sous forme de triglycérides et de glycogène dans l’hypoderme pendant la phase d’entrée en dauer (stade L2d pré-dauer) (Burnell et al., 2005). Lors de leur utilisation pendant la phase dauer, les triglycérides sont métabolisés par la voie de la bêta-oxydation et le glycogène par la glycolyse. Les dauers font un usage préférentiel d’un transport de chaîne d’électrons qui ne nécessite pas d’oxygène et la fermentation est augmentée (Burnell et al., 2005). En outre, les dauers semblent avoir une défense anti-radicaux libres (ROS, pour Reactive Oxygen Species) augmentée (Vanfleteren & De Vreese, 1996 ; Houthoofd et al., 2002). On pense que leur métabolisme aérobie réduit, associé à une activité de détoxification accrue des ROS pourraient prévenir les lésions oxydatives, contribuant à une extension de leur longévité (Burnell et al., 2005).
Les larves dauers présentent également des comportements uniques et facilement identifiables : elles gisent généralement immobiles et droites, seules ou regroupés en amas, mais sont néanmoins capables de déplacements rapides lorsque qu’elles sont stimulées. Les dauers ont également la particularité d’adopter un phénotype étonnant appelé nictation, au cours duquel elles se redressent et agitent leurs corps (Cassada & Russell, 1975 ; Lee et al., 2013). Ce comportement repose probablement sur des modifications musculaires et neurologiques spécifiques de cet état de diapause et favorise vraisemblablement leur dispersion par d’autres organismes vivants se déplaçant à proximité et pouvant leur servir de vecteurs vers de nouveaux habitats à coloniser. La découverte régulière de dauers sur des invertébrés est en faveur de cette hypothèse (Félix & Braendle, 2010).
À l’état naturel, C. elegans est présent dans le monde entier, avec néanmoins une préférence marquée pour les zones tempérées. C. elegans a été isolé à partir de différents types de substrats, tels que des fruits en décomposition, de l’humus ou du compost. C’est justement le stade dauer qui est le plus souvent isolé lors des campagnes d’échantillonnage (Barrière & Félix, 2005, 2007 ; Félix & Braendle, 2010 ; Frézal & Félix, 2015), suggérant qu’il est prédominant dans les populations naturelles. Dans les fruits en décomposition et le compost, les populations de C. elegans atteignent généralement un pic de croissance en automne avant de décliner à nouveau en hiver. À la suite d’une forte réduction de la population, quelques individus fondateurs, probablement des larves dauers, sont capables de migrer vers un nouveau substrat pour y générer une nouvelle population. Mais ils peuvent également attendre sur place le retour de conditions plus favorables (Kiontke & Sudhaus, 2006 ; Félix & Braendle, 2010).
Figure 2 Le cycle de vie de C. elegans. Dans des conditions favorables (faible densité de population, température modérée, alimentation ad libitum), C. elegans poursuit un développement reproductif lui permettant d’atteindre sa maturité en trois jours (à 20 °C). Dans des conditions au contraire défavorables (densité de population élevée, température élevée ou nourriture rare), C. elegans peut se développer en un autre stade larvaire résistant appelé « dauer ». Les larves dauers reprennent leur développement reproductif lorsque les conditions environnementales s’améliorent. |
Régulation de l’entrée en dauer chez C. elegans
Au cours du premier stade larvaire, C. elegans est confronté à une importante décision : poursuivre sa croissance reproductive ou entrer en dauer. Cette décision nécessite une perception précise des informations environnementales et leur intégration au niveau de l’organisme tout entier, afin d’adopter la trajectoire développementale appropriée aux conditions. Des cribles génétiques ont permis d’identifier plusieurs dizaines de mutants défectueux pour la formation de dauer, appelés daf (formation anormale de dauer) : Daf-c désigne les mutants entrant en dauer de manière constitutive, indépendamment des conditions environnementales, tandis que Daf-d désigne les mutants qui, au contraire, ne parviennent pas à entrer en dauer même en présence de facteurs inducteurs (Riddle & Albert, 1997). L’identification des composants principaux du réseau de régulation de l’entrée en dauer révèle un processus neuroendocrinien, impliquant principalement les voies de signalisation GMPc, de l’insuline, du TGF-β et des stéroïdes (Fielenbach & Antebi, 2008) (Figure 3).
Les phéromones, la température, la quantité et la qualité de la nourriture ont été identifiées comme les facteurs clés dans l’induction de dauer (Golden & Riddle, 1982, 1984). Les phéromones produites et sécrétées par C. elegans semblent être les stimuli induisant le plus fortement l’entrée en dauer, en permettant aux nématodes d’évaluer leur densité de population et de prédire l’épuisement imminent des ressources nutritives dans le milieu (Golden & Riddle, 1982 ; Butcher et al., 2007). Les phéromones de C. elegans sont composées d’un mélange d’ascarosides, des molécules composées d’un sucre (ascarylose) lié à une chaîne dérivée d’acide gras (Jeong et al., 2005 ; Butcher et al., 2007 ; Ludewig et al., 2013). Il a été démontré que six ascarosides (ascr#1, ascr#2, ascr#3, ascr#5, ascr#8 et icas#9) induisent l’entrée en dauer, l’ascr#5 ayant l’effet le plus fort. La perception des phéromones est médiée par des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) exprimés à la surfaces des neurones sensoriels de l’amphide, la région de la tête où la cuticule présente des invaginations latérales (Bargmann & Horvitz, 1991 ; Schackwitz et al., 1996 ; McGrath et al., 2011 ; Park et al., 2012). Les RCPG régulent la synthèse de GMPc via la guanylal cyclase DAF-11. La concentration intracellulaire en GMPc semble avoir un rôle essentiel dans la transduction des signaux régulant l’entrée en dauer : une concentration élevée permet le développement reproductif, alors qu’une faible concentration induit l’entrée en dauer.
L’entrée en dauer est également directement régulée par la disponibilité de nourriture, de sorte qu’une forte concentration de nourriture inhibe le passage en dauer (Golden & Riddle, 1982, 1984). Si sa diminution ne suffit en revanche pas à induire la formation de dauer à elle seule, elle peut néanmoins augmenter l’effet d’autres signaux régulateurs. Contrairement aux phéromones, dont les caractéristiques sont à présent bien documentées, la nature exacte des composants actifs de l’alimentation qui régulent l’entrée en dauer reste floue. Il pourrait s’agir à la fois d’une perception directe de molécules olfactives et d’une perception de l’état nutritionnel interne de l’animal par le biais de la signalisation TORC2 (O’Donnell et al., 2018). Il convient de noter que non seulement la quantité mais aussi le type d’aliments peuvent avoir un effet sur l’induction de dauer. Par exemple, l’ingestion de certaines souches bactériennes pathogènes peuvent induire la formation de dauers (Palominos et al., 2017). La température est un autre facteur critique régulant l’entrée en dauer. Ainsi, l’exposition à une température élevée (25 °C) avant la première mue augmente l’effet inducteur des phéromones (Golden & Riddle, 1984 ; Karp, 2018). Une température légèrement plus élevée (27 °C) peut même induire la formation d’une petite fraction de dauer indépendamment des phéromones (Ailion & Thomas, 2000). Les mécanismes par lesquels la température est détectée et influence l’induction du stade dauer sont encore mal compris.
La neuroperception des signaux environnementaux et physiologiques aboutit à la régulation de deux voies de signalisation importantes, insuline et TGF-β, dans le système nerveux. En conditions favorables, les signalisations insuline et TGF-β sont activées et permettent le développement reproductif, tandis que les signaux pro-dauer répriment ces deux voies, ce qui conduit à l’entrée en dauer (Fielenbach & Antebi, 2008).
L’expression du ligand insuline DAF-28 est régulée positivement dans les neurones ASI et ASJ de l’amphide par la perception de signaux alimentaires et est réprimée par la perception de phéromone (Li et al., 2003 ; O’Donnell et al., 2018). L’insuline induit alors l’activation du récepteur membranaire DAF-2 et une cascade de phosphorylation des kinases AGE-1, PDK-1, AKT-1 et AKT-2, régulant finalement la localisation subcellulaire du facteur de transcription DAF-16/FOXO (Morris et al., 1996 ; Kimura et al., 1997 ; Paradis & Ruvkun, 1998 ; Paradis et al., 1999). Lorsque la signalisation insuline est active, DAF-16 est réprimé par phosphorylation et séquestré à l’extérieur du noyau. En absence d’activation de la voie insuline, en conditions défavorables, DAF-16 est déphosphorylé et transloqué dans le noyau, permettant ainsi la régulation de ses cibles transcriptionnelles et l’entrée en dauer (Ogg et al., 1997 ; Lin et al., 1997 ; Lee et al., 2001 ; Hertweck et al., 2004).
Le ligand DAF-7/TGF-β est uniquement exprimé dans le neurone ASI. Il est régulé positivement par une présence abondante de nourriture et réprimé par une forte concentration de phéromones ou des températures élevées (Schackwitz et al., 1996 ; Ren et al., 1996 ; O’Donnell et al., 2018). La liaison du ligand DAF-7/TGF-β aux récepteurs tyrosines kinases de type I et II, DAF-1 et DAF-4 (Georgi et al., 1990 ; Estevez et al., 1993 ; Schackwitz et al., 1996 ; Ren et al., 1996) entraîne la phosphorylation des protéines SMAD DAF-8 et DAF-14 et l’inhibition des facteurs de transcription DAF-3/SMAD et DAF-5/SNO-SKI (Patterson et al., 1997). Bien qu’il y ait quelques interférences entre la signalisation insuline et TGF-β (Vowels & Thomas, 1992 ; Inoue & Thomas, 2000 ; Liu et al., 2004 ; Shaw et al., 2007), les deux voies agissent principalement en parallèle pour réguler la synthèse de l’acide dafachronique (DA), une hormone stéroïdienne ayant un rôle pivot dans la régulation d’entrée en dauer (Fielenbach & Antebi, 2008).
En conditions favorables, la signalisation TGF-β et insuline régulent positivement la synthèse de DA dans les tissus stéroïdogènes, principalement dans les cellules XXX et l’hypoderme (Antebi, 2013). Il faut noter que la régulation de la production de DA par l’insuline et le TGF-β semble indirecte et passe probablement par un intermédiaire hormonal sécrété par le système nerveux vers les tissus stéroïdogènes.
Le DA, analogue à la vitamine D des mammifères, est synthétisé à partir du cholestérol alimentaire (Motola et al., 2006). Sa fixation au récepteur nucléaire DAF-12 permet la transcription des gènes du développement reproductif dans tous les tissus de l’organisme. Lorsque les conditions environnementales sont défavorables, l’inhibition des voies insuline et TGF-β empêche la synthèse de DA. En son absence, le récepteur DAF-12 s’associe alors avec un répresseur, DIN-1, pour réprimer les gènes dirigeant le développement reproductif, induisant ainsi la formation de dauer (Antebi et al., 1998 ; Gerisch & Antebi, 2004 ; Ludewig et al., 2004 ; Mak & Ruvkun, 2004 ; Wagner & Zhang, 2011).
Figure 3 Réseau de régulation de l’induction du stade dauer chez C. elegans. La perception de conditions environnementales favorables conduit à la synthèse de GMPc dans les neurones sensoriels. Une concentration élevée de GMPc intracellulaire régule la signalisation TGF-β et insuline dans le système nerveux. Par une étape intermédiaire inconnue, l’insuline et la signalisation TGF-β permettent la synthèse de l’acide dafachronique (DA) dans les tissus stéroïdogènes. La DA synthétisée se lie au récepteur nucléaire DAF-12 dans tous les tissus de l’organisme. Le complexe DA-DAF-12 permet le développement reproductif et inhibe la formation de dauer. Dans des conditions défavorables, la perception de stimuli pro-dauer comme les phéromones inhibe les signalisations insuline et TGF-β, empêchant ainsi la synthèse de DA. En absence de DA, DAF-12 induit l’entrée en dauer et inhibe le développement reproductif. |
Évolution de la formation du stade dauer chez C. elegans
C. elegans a colonisé une grande variété d’habitats dans le monde, avec des conditions environnementales très différentes. Par conséquent, on peut s’attendre à trouver une variation génétique naturelle pour différents phénotypes, y compris dans la formation de dauer, en raison de l’adaptation différentielle à ces conditions environnementales divergentes.
Des isolats sauvages de C. elegans prélevés dans divers endroits du monde et testés dans des environnements contrôlés en laboratoire ont effectivement révélé une variation importante de capacité à entrer en dauer (Viney et al., 2003 ; Diaz et al., 2014 ; Diaz & Viney, 2015). Viney et al. (2003) ont quantifié la variation naturelle de l’induction de dauer en réponse à différentes concentrations de phéromones. Ce test a révélé non seulement une variation génétique de l’induction moyenne de dauers dans un environnement donné, mais aussi des interactions gènes-environnement significatives, c’est-à-dire des différences d’amplitude de réponse à des concentrations croissantes de phéromones. Plus récemment, le développement de tests automatisés a permis de quantifier à haut-débit l’induction de dauer chez 157 isolats sauvages de C. elegans, en réponse à un seul ascaroside synthétique inducteur de dauer (ascr#5), révélant à nouveau une variation naturelle significative de la capacité à entrer en dauer (Lee et al., 2019). Cette variation naturelle dans l’induction de dauers chez C. elegans se retrouve également en réponse à d’autres facteurs que la phéromone, telle qu’une température élevée (27 °C) (O’Donnell et al., 2018). De façon intéressante, la même étude montre qu’il n’existe aucune corrélation entre la variation d’induction de dauer en réponse à la température et celle observée en réponse à l’ascaroside ascr#5, suggérant que les bases moléculaires de ces variations sont différentes.
Il faut noter que les isolats sauvages de C. elegans diffèrent non seulement par leur sensibilité aux phéromones mais également par la production de phéromones elles-mêmes dans leur aspect quantitatif et qualitatif (Choe et al., 2012). Des analyses en chromatographie HPLC-MS ont ainsi montré que les cocktails de phéromones extraits de plusieurs isolats sauvages contenaient des concentrations significativement différentes de certains ascarosides (ascr#3), alors que d’autres semblent être produits à des concentrations relativement constantes (ascr#2) d’un isolat à l’autre. De façon intéressante, les cocktails de phéromones produits par différentes souches sauvages n’ont pas la même efficacité à induire la formation de dauers.
Plusieurs études de génétiques quantitatives ont permis d’identifier des loci à caractères quantitatifs (QTL) expliquant les différences d’induction de dauer en réponse à des facteurs individuels ou combinés, comme la phéromone ou des températures élevées Harvey et al., 2008 ; Green et al., 2013, 2014; O’Donnell et al., 2018). Toutes ces études ont détecté des QTL multiples, en faveur d’une base polygénique de cette variation phénotypique. Bien que les régions QTL découvertes contiennent des variants candidats, ces études n’avaient pas identifié ou démontré leur implication. Toutefois, très récemment, une étude d’association pangénomique (GWAS) sur 157 isolats sauvages de C. elegans a identifié quatre QTL associés à une variation de la sensibilité à l’ascaroside ascr#5 et a démontré l’implication de deux variants affectant les gènes srg-36 et srg-37 (Lee et al., 2019), codant deux récepteurs de l’ascaroside ascr#5 (McGrath et al., 2011). Les deux délétions représentent des allèles de perte de fonction présumés, réduisant ainsi la sensibilité à la phéromone (Lee et al., 2019). La délétion srg-37 a été trouvée dans divers isolats naturels, parfois génétiquement éloignés. Il est intéressant de noter que les mêmes populations locales présentaient à la fois l’allèle de référence et l’allèle variant de srg-37, suggérant qu’une sélection d’équilibre a maintenu ce polymorphisme. L’étude a aussi montré que les substrats très nutritifs tels que les fruits en décomposition étaient enrichis en isolats portant la délétion de srg-37, suggérant une association entre ce polymorphisme et les niches écologiques favorisant le développement reproductif (Lee et al., 2019).
De manière intéressante, des modifications au niveau des récepteurs SRG-36 et SRG-37 ont également joué un rôle important dans l’évolution de la formation de dauer en laboratoire (McGrath et al., 2011). Deux souches de C. elegans, LSJ2 et CC1, dérivées indépendamment de la souche de laboratoire de référence N2, ont été cultivées en liquide à haute densité et sans limitation alimentaire pendant environ 50 ans et quatre ans, respectivement (McGrath et al., 2011). LSJ2 et CC1 présentent toutes les deux une délétion de srg-36 et srg-37, rendant ainsi ces souches résistantes à l’induction de dauer par la phéromone (McGrath et al., 2011). Dans cet environnement artificiel, une concentration élevée de phéromones n’est plus prédictive d’un épuisement de nourriture et l’entrée en dauer serait donc mal adaptative. Par conséquent, la perte de ces deux récepteurs de phéromones peut avoir conféré un avantage sélectif important dans cet environnement de laboratoire très particulier et le caractère adaptatif de la perte de ces récepteurs est fortement suggéré par l’acquisition indépendante de ces délétions dans ces deux souches indépendantes, toutes deux cultivées dans des conditions similaires. Les études de McGrath et al. (2011) et Lee et al. (2019) indiquent qu’une sensibilité réduite à des signaux spécifiques induisant le stade dauer chez C. elegans pourrait évoluer de préférence au niveau de la chimioréception. En revanche, nous manquons d’exemples de variants naturels susceptibles d’accroître la sensibilité aux signaux pro-dauer.
Homologies et divergences entre les dauers et les larves infectieuses des nématodes parasites
Le stade dauer présente de nombreuses homologies avec le stade larvaire infectieux des nématodes parasites et pourrait représenter une préadaptation des nématodes au parasitisme (Crook, 2014). Alors que le véritable stade dauer semble être limité au sous-ordre des Rhabditina (De Ley, 2006), les nématodes parasites Rhabditida produisent des larves dont le troisième stade infectieux (iL3) est semblable au stade dauer. En effet, les iL3 sont arrêtées dans leur développement, ne se nourrissent pas et résistent à des conditions environnementales défavorables. Les iL3 présentent également des similitudes morphologiques avec les dauers tels qu’un corps filiforme et une constriction radiale (Crook, 2014). L’entrée en stade iL3 est, elle aussi, régulée par des facteurs environnementaux similaires à ceux régulant la formation de dauers, tels que la température chez Stronglyoides ratti (Harvey et al., 2000) ou des composés de type phéromone chez Parastrongyloides trichosuri (Grant et al., 2006 ; Stasiuk et al., 2012). Au niveau cellulaire et moléculaire, l’induction d’iL3 implique des mécanismes de contrôle neuroendocrinien homologues à ceux de C. elegans. Par exemple, l’ablation au laser de neurones analogues aux neurones de C. elegans impliqués dans la régulation du stade dauer provoque une entrée ou une sortie inappropriée de l’iL3 chez Strongyloides stercoralis et Heterorhabditis bacteriophora (Ashton et al., 1998 ; Hallem et al., 2007). Au niveau moléculaire, l’induction et la sortie du stade iL3 montrent, selon les espèces, des conservations mais aussi des divergences par rapport à la régulation du stade dauer chez C. elegans. Si la signalisation GMPc semble jouer un rôle dans la sortie du stade iL3 chez Ancylostoma caninum, H. bacteriophora et S. stercoralis, de manière similaire à C. elegans (Hawdon & Datu, 2003 ; Hallem et al., 2007 ; Stoltzfus et al., 2012), elle n’a aucun effet chez Nippostrongylus brasiliensis (Huang et al., 2010). L’inhibition ou l’activation de la signalisation de l’insuline et des stéroïdes a montré que leurs fonctions de régulation de l’arrêt et du rétablissement des larves de type dauer sont conservées chez de multiples espèces de nématodes (Crook, 2014). Alors que chez C. elegans, l’activation de la voie du TGF-β, nécessaire pour contourner l’entrée de la larve en dauer, est régulée à la baisse par les signaux pro-dauers, la signalisation du TGF-β chez les nématodes parasites semble avoir des fonctions opposées puisque le ligand du TGF-β est fortement exprimé pendant le stade iL3 (Crook, 2014). Ainsi, si la conservation du stade dauer-like chez des espèces éloignées souligne l’importance de ce stade larvaire, l’exemple de la voie du TGF-β montre que l’architecture moléculaire sous-jacente a fait l’objet de remodelages évolutifs majeurs.
Conclusion
Le nématode C. elegans a la capacité de percevoir avec précision les conditions environnementales et de les intégrer en un choix de développement lui permettant soit de s’engager dans une croissance reproductive, soit d’entrer dans un stade larvaire arrêté et résistant appelé dauer, si les conditions sont défavorables. Dans la nature, C. elegans se trouve dans de nombreuses régions géographiques et occupe divers types de substrats dont les conditions environnementales sont considérablement différentes. Les différents habitats fournissent ainsi des ressources inégales et imposent des stress spécifiques, pouvant façonner des histoires de vie différentes. Les isolats sauvages de C. elegans collectés à différents endroits de la planète varient considérablement dans leur capacité à entrer en dauer et la base moléculaire de ces différences a pu être parfois identifiée par des approches de génétique quantitative et de génomique des populations. Le caractère adaptatif de ces différences est suggéré par des convergences évolutives à l’échelle moléculaire et par une corrélation entre la présence de certains variants affectant l’entrée en dauer et des habitats spécifiques. L’étude du stade dauer (et du stade iL3) chez les nématodes illustre ainsi la manière dont les organismes peuvent subir des ajustements de leurs systèmes plastiques en fonction des différents habitats qu’ils occupent et à différentes échelles évolutives, leur permettant la meilleure adéquation entre leur développement et leur milieu de vie.
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Citation de l’article : Billard, B., Gimond, C., et Braendle, C. (2020). Génétique et évolution de la plasticité développementale chez le nématode C. elegans : induction environnementale du stade dauer. Biologie Aujourd’hui, 214, 45-53
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Figure 1 Robustesse et plasticité phénotypique. Valeurs phénotypiques en fonction des conditions environnementales, dans le cas d’un système (A) robuste, (B) plastique de manière continue et (C) plastique de manière discontinue ou discrète (polyphénisme). |
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Figure 2 Le cycle de vie de C. elegans. Dans des conditions favorables (faible densité de population, température modérée, alimentation ad libitum), C. elegans poursuit un développement reproductif lui permettant d’atteindre sa maturité en trois jours (à 20 °C). Dans des conditions au contraire défavorables (densité de population élevée, température élevée ou nourriture rare), C. elegans peut se développer en un autre stade larvaire résistant appelé « dauer ». Les larves dauers reprennent leur développement reproductif lorsque les conditions environnementales s’améliorent. |
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Figure 3 Réseau de régulation de l’induction du stade dauer chez C. elegans. La perception de conditions environnementales favorables conduit à la synthèse de GMPc dans les neurones sensoriels. Une concentration élevée de GMPc intracellulaire régule la signalisation TGF-β et insuline dans le système nerveux. Par une étape intermédiaire inconnue, l’insuline et la signalisation TGF-β permettent la synthèse de l’acide dafachronique (DA) dans les tissus stéroïdogènes. La DA synthétisée se lie au récepteur nucléaire DAF-12 dans tous les tissus de l’organisme. Le complexe DA-DAF-12 permet le développement reproductif et inhibe la formation de dauer. Dans des conditions défavorables, la perception de stimuli pro-dauer comme les phéromones inhibe les signalisations insuline et TGF-β, empêchant ainsi la synthèse de DA. En absence de DA, DAF-12 induit l’entrée en dauer et inhibe le développement reproductif. |
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